La película, basada en hechos reales, narra la historia de Annie, una niña que es internada a los 3 años de edad, debido a una lesion cerebral, en un centro medico. Allí, Annie solo será atendida por enfermeras que se encargarán de darle de comer y limpiarla, y nada más. Todos los niños internados son considerados “retrasados profundos” y nadie se preocupa por su educación, estado de ánimo o por su necesidad de relacionarse con el mundo. Annie pasa los días y cumple los 14 años sin moverse de una cuna hasta que Jessica, una nueva profesora, decide dar un giro al estilo del centro y crear talleres de manualidades y enseñarles el mundo. Un día Jessica se da cuenta de que Annie posee más capacidades de las que parecen a simple vista y que comprende lo que ella le dice. La profesora, bajo la mirada atenta de todos los compañeros del centro, se dedicará por completo a Annie.
Simon Birch, de once años, es un niño afectado por el síndrome de Morquio, un desorden genético que causa enanismo entre otros síntomas. La historia empieza cuando su amigo Joe, visita la tumba de Simon, su amigo de la infancia (1952-1964). Joe, explica que Simon es la razón por la que el tiene Fe. A raíz de esto, comienzan a sucederse los recuerdos de la infancia.
